Varios comandos útiles cuando te quedas sin espacio en disco duro en tu distribución Linux.
ncdu
df -h
journalctl --disk-usage
sudo journalctl --vacuum-time=3d
sudo apt clean
También es bueno revisar el tamaño de los ficheros binarios que genera MySQL y que se almacenan en /var/log/mysql.
Estos se limpian con la query:
purge master logs to 'binlog.00xxxx'